船户整合医学中心作为船户诊所（成立于1994年）的重要组成部分，成立于2007年。除整合医学中心，船户诊所还设有船重生洞户（日本第一个以预防癌症为主题的疗愈中心）、居家康复中心、日间照料中心和VillaCampo（公寓型香草医学疗养设施）等。

船户诊所院长船户崇史从医学院毕业后成为一名消化外科医生。作为一名临床医生，他发现，手术能治疗症状，但是不解决根本问题，肿瘤切除干净的患者依然复发。“现代医学可能无法提供实现真正治愈所需的希望与工具”，1994年，船户院长放弃手术刀，从综合医院辞职成立了船户诊所。

船户崇史。著有《癌症消失的活法》（日本亚马逊癌症类最畅销书籍）、《奇迹的医疗》、《通往天国的台阶》、《我们会再见》《幸福的本质》等基于临终关怀经验而写成的医学散文类书籍。

2007年，在整合医学中心成立不久，船户院长查出肾细胞癌。手术治疗结束后，回到深处大自然的家乡——岐阜洞户——疗养，后接受了整合医学治疗。船户院长基于自己的患癌和康复经历，后来在洞户建设了日本第一个以癌症预防为主题的疗愈中心——重生洞户。重生洞户是整合医学中心的重要组成部分。

船户整合医学中心以“践行全人医疗，助力患者重塑健康和人生”为理念，基于整合医学的原则，从营养、运动、纾压、排毒和心灵提升的多维度视角，联合基于一定医学证据的补充疗法和常规治疗，为患者提供专注于身体、情感和精神健康的综合治疗方案。